В начальной стадии заболевания отмечается головная боль, головокружение, тошнота, рвота, боль в мышцах, в пояснице, общее недомогание, запор. Обнаруживаются менингеальные симптомы, в спинномозговой жидкости лимфоцитарный плеоцитоз.

Клиническая картина второго периода более тяжелая и характеризуется признаками органического поражения нервной системы: парезы конечностей, шаткая походка, очень редко отдельные эпилептиформные припадки, психические расстройства. Характерные для клещевого энцефалита периферические параличи конечностей и бульбарный синдром почти не встречаются. Более часто наблюдаются радикулит и неврит.

Прогноз благоприятный. Летальный исход и переход в хроническую стадию не отмечаются.

Лечение и профилактика двухволнового вирусного менингоэнцефалита включают те же методы и средства, что и при клещевом энцефалите.